В 1999 году на основании Постановления Правительства Кыргызской Республики от 29 октября 1999 года № 587 «О порядке обслуживания и эксплуатации сооружений, обеспечивающих защиту от селевых потоков и паводков» Министерством сельского и водного хозяйства Кыргызской Республики была создана при Департаменте водного хозяйства специализированная организация Ошский отдел «Сельводзащита» — по эксплуатации и техническому обслуживанию инженерных сооружений, обеспечивающих защиту сельских населенных пунктов и сельскохозяйственных угодий с возложением на нее обязанностей заказчика по проектированию и строительству таких сооружений.
В 2005 году на основании Указа Президента Кыргызской Республики
от 15 октября 2005 года УП № 462 «О совершенствовании структуры органов
государственного управления Кыргызской Республики» Министерству чрезвычайных ситуаций Кыргызской Республики были переданыфункции и материальная база Управления «Сельводзащиты» Департамента водного хозяйства Министерства сельского, водного хозяйства и перерабатывающей промышленности Кыргызской Республики.
В 2014 году на основании Постановления Правительства Кыргызской Республики от 22 апреля 2014 года № 238 «О Государственном агентстве «Сельводзащита» при Министерстве чрезвычайных ситуаций Кыргызской Республики» и в целях оптимизации структуры Министерства чрезвычайных ситуаций Кыргызской Республики, правительством Кыргызской Республики Управление «Сельводзащита» Министерства чрезвычайных ситуаций Кыргызской Республики было преобразовано в Государственное агентство «Сельводзащита» при Министерстве чрезвычайных ситуаций Кыргызской Республики.
